Den andre utgaven av Hoofddorp stasjon er en jernbanestasjon som ligger i den østlige utkanten av Hoofddorp (kommune Haarlemmermeer), langs Schiphollinjen.

Det har tidligere eksistert en stasjon med navnet Hoofddorp fra 1912 til 1935, beliggende på de nå nedlagte Haarlemmermeer linjene mellom Aalsmeer–Haarlem og Hoofddorp–Leiden.

Den 31. mai 1981 ble det nye Hoofddorp stasjon på Schiphollinjen åpnet, den gang med kun et midlertidig stasjonsbygg.
I 1986 fikk stasjonen et enkelt permanent bygg, tegnet av Paul Corbey.

På 1980- og 1990-tallet var Hoofddorp utgangspunkt for internasjonale hurtigtogforbindelser til Tyskland og Danmark, med destinasjoner som blant annet Bad Harzburg, Berlin og København.

Etter at Schiphollinjen ble utvidet til fire spor i 1996, ble et helt nytt stasjonsanlegg tatt i bruk i mai 1998.
Senere ble det også anlagt to spor uten plattform langs stasjonen for høyhastighetslinjen HSL Zuid.

Nede ved busstasjonen finnes det flere butikker, og på plattform 3/4 åpnet en kiosk i juni 2012. Stasjonen er utstyrt med adgangsporter for bruk av det nederlandske OV-chipkortsystemet.