Stationen Baarn öppnades år 1874, tillsammans med järnvägslinjen Amsterdam - Amersfoort. Denna bana elektrifierades 1946. Det var under året 1898 där en annan järnvägslinje kom till Baarn, det var lokalbanan från Den Dolder. Denna fick ett eget stationshus på andra sidan spåren. Denna station stängdes år 1948 (numera hade bägge banor övertagits av NS) och tågen trafikerar sedan dess stationen vid stambanan. Sedan 2008 stannar alla tåg av denna linje (de går till och från Utrecht) på en nybyggd perrong väster om stambanan så att de kan gå oberoende på trafiken på den andra banan.