Leiden ligger vid Oude Lijn, mellan Amsterdam och Den Haag. Den första stationen invigdes år 1842. 1879 blev det andra stationshuset klart, 1955 det tredje och 1996 det fjärde.
Under ett år var Leiden slutstationen för tågen från Amsterdam. 1843 kom förlängningen till Den Haag i drift. Banan har eldrift sedan 1927.
1878 öppnades banan via Alphen till Woerden (nära Utrecht) som har elektrifierats 1950. 1981 slutligen öppnades linjen till flygplatsen Schiphol.