Bad Kleinen är en järnvägsknutpunk i nordvästra Mecklenburg. Viktigast är stambanan Hamburg - Hagenow Land - Schwerin - Bad Kleinen - Rostock. Här avgår linjerna mot Wismar (i norr) och den oelektrifierade banan till Lübeck (i väst).

Stationen i Bad Kleinen är sedan december 2016 under ombyggnad. Prognosen är att allt ska vara klart december 2018. Nya perronger ska byggas och stationshuset och andra byggnader mitt i spårområdet ska rivas.